Les erreurs dans les simulations biomécaniques proviennent de la modélisation et de la discrétisation. La génération de maillages à partir d'images médicales est une source majeure d'erreurs de discrétisation, qui reste l'un des principaux inconvénients dans le développement de modèles d'éléments finis personnalisés, fiables, précis, automatiques et efficaces, en biomécanique. Nous considérons dans une premiere partie la méthode des éléments finis sur des maillages endommagés localement admettant une ou plusieurs cellules déformées qui sont isolées les unes des autres. Dans le cas simple de l'équation de Poisson nous montrerons que les estimations d'erreur a priori usuelles restent valables sur ces mailles. Nous proposerons également un autre schéma d'éléments finis convergent de manière optimale et, de plus, bien conditionné. Ces résultats seront illustrés numériquement. La seconde partie se concentrera sur des estimations a posteriori de type DWR pour une quantité d'intérêt définie par l'utilisateur. Ceci permet de quantifier l'impact de la qualité et de la densité du maillage sur la précision de la solution éléments finis. Nous testerons ses estimations d'erreur dans deux situations, correspondant à des calculs pour une langue et une artère.