On présente une méthode effective de calcul sur les $p$-adiques d’isogénies entre courbes elliptiques et Jacobiennes de courbes hyperelliptiques de petit genre. Une application importante est le cas des courbes définies sur un corps fini de petite caractéristique, qui peut être résolu par relèvement dans les $p$-adiques. Notre algorithme repose sur la résolution d’équations différentielles avec un bon contrôle de perte de précision. Son analyse est basée sur la théorie de la précision différentielle développée par Caruso, Roe et Vaccon.