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S’organiser pour travailler indifferemment sur plusieurs plateformes de calcul

Pour pouvoir travailler de manière indifférenciée sur plusieurs plateforme, vous pouvez-vous organiser en définissant des variables d’environnement dans vos fichiers de configurations $HOME/.bashrc pour gommer les différences entre plateformes dans vos scripts.

Avec également l’aide de git pour gérer vos codes sources vous pouvez très facilement déployer votre code, à jour, sur l’une ou l’autre plateforme.

Exemple de paragraphe $HOME/.bashrc :

sur plafrim :

export HPC_DOMAIN=plafrim

export HPC_NAME=plafrim3

export HPC_TMP=/beegfs/$USER

export HPC_MODULE_GCC=compiler/gcc/9.2.0

sur curta :

export HPC_DOMAIN=mcia

export HPC_NAME=curta

export HPC_TMP=/gpfs/scratch/$USER

export HPC_MODULE_GCC=gcc/7.3.0

exemple de script de lancement :

#SBATCH ...

cp -r $HOME/monprojet $HPC_TMP

cd $HPC_TMP/monprojet

echo Running on $HPC_DOMAIN / $HPC_NAME



module load $HPC_MODULE_GCC

make myprog.c

srun myprog

Limitations

Les directives #SBATCH ne peuvent pas contenir de variables (elles ne sont pas évaluées)

S’organiser pour travailler indifferemment sur plusieurs plateformes de calcul

Institut de Mathématiques de Bordeaux UMR 5251