Matlab sur PlaFRIM3

Vu d’ensemble

Il y a 3 grandes manières d’utiliser matlab :

1. de manière interactive en mode graphique
2. de manière interactive en ligne de commande
3. en mode "batch" (non interactive)

Les méthodes 2 et 3 sont décrites ici.
La méthode 1 (graphique interactif) suppose de maîtriser la méthode 2 et d’aller sur la procédure indiquée ci dessous.

Attention : Il ne faut pas lancer directement matlab sur une machine devel, sauf pour un petit test rapide, car les machines d’acc-s (devel) doivent rester disponible pour accueillir les utilisateurs. La session sera automatiquement détruite si elle consomme trop de ressources...

Pensez à fermer votre session à la fin pour libérer les noeuds de calcul et la license matlab.

Pour une utilisation graphique, suivre ce guide :
Visualisation déportée sur PlaFRIM3

car sinon le déport graphique basique sera beaucoup trop lent

Utilisation en ligne de commande

Pour utiliser matlab sur PlaFRIM3, il est nécessaire de charger le module matlab

Avec la version la plus récente actuellement (R2019a) :

module load tools/matlab/R2019a

Si besoin, pour lister les modules matlab disponibles :

module avail |& grep matlab

Vous pouvez ensuite lancer matlab en ligne de commande (interface texte) comme ceci :

srun -I30 -C intel --time=4:0:0 matlab -nodisplay

Pour avoir

• une session de 4 heures (--time=4:0:0)
• sur un cœur,
• sur un nœud intel (-C intel)
• en attendant 30 secondes maximum la disponibilité d’un nœud (-I30)

Si votre calcul peut utiliser plusieurs cœurs de calcul, précisez le avec l’option -c pour réserver plusieurs coeurs. Ex avec 8 cœurs :

srun -I30 -c8 -C intel --time=4:0:0 matlab -nodisplay

Utilisation en mode batch - non interactif

Dans le cadre d’une campagne de calculs en mode batch, pour lancer automatiquement un script matlab matlab.m la syntaxte est :

matlab -nodisplay -r "run('matlab.m')"

Ne pas oublier de finir le script avec la commande quit force pour forcer la fin du script et libérer le noeud de calcul sans avoir à attendre le timeout de la session.

Pour faire de gros calcul sur plusieurs noeuds en parallele, il faut impérativement passer par la toolbox compiler qui permet d’obtenir un exécutable qui ne dépend plus des licences matlab. La technique est décrite ici : matlab compiler